С целью обеспечения разноплановой деятельности Союза журналистов СПб и ЛО, обеспечения интересного событийного ряда для членов организации, в рамках Союза действуют Комиссии и Гильдии (заменившие ранее существовавшие секции).
Комисии
Комиссия по корпоративной и отраслевой прессе
Комиссия по этике и вопросам законодательства СМИ
Комиссия по образованию и подготовке журналистских кадров
Комиссия по районным и муниципальным СМИ
Комиссия по социально-правовым вопросам
Гильдии
Гильдия экологических журналистов
Гильдия журналистов, работающих в сфере архитектуры, строительства и сохранения культурного наследия
Гильдия журналистов-путешественников
Гильдии журналистов, работающих в детских и педагогических СМИ
Гильдии журналистов, работающих в молодежных и вузовских СМИ